Kara Ağaç Destanı 16. bölümde (2. sezon), hikaye 1950’ler ve 1970’ler arasında Anadolu’nun kadim topraklarında iyilik ve kötülüğün mücadelesi etrafında dönmeye devam ediyor. Bu bölümde, Ömer ve Sultan, Merdo’nun elinden Celal Ağa’yı kurtarır. Bu olay, baba ve oğul arasındaki gerginliği çözer ve aralarında duygusal bir yüzleşme gerçekleşir. Ömer, Merdo’yu bulup hesaplaşmak için harekete geçerken, büyük bir yüzleşme anı yaklaşır ve karakterlerin kaderlerini belirleyecek kritik kararlar verilir​.